O laboratório de microscopia é composto com diversos instrumentos para o seu funcionamento na parte de pesquisas, trabalhos biológicos, aulas práticas monitoradas pelo professor.
Compõe-se de microscópios binoculares e monoculares; estereoscópios (lupas); peças anatômicas do corpo humano, como coração, pulmão, cérebro; material para estudos de embriologia: fetos e um conjunto de peças de gesso do desenvolvimento do embrião; caixas de lâminas de histologia, citologia, botânica e zoologia; torso humano bissexual; dois modelos de esqueleto humano e diversos membros ósseo do corpo humano.
Compõe-se também de materiais eletrônicos: um microscópio aclopado a um televisor 29 polegadas para melhor visualização dos alunos, uma centrífuga para mistura de produtos químicos, um computador. Tendo também variadas peças anatômicas de partes do corpo humano.
